Якщо вони є .WAV-файлами, а один створений безпосередньо з іншого, то має бути розділ, який є байтом для ідентичного байта, і хороший інструмент для перегляду може знайти його для вас. Якщо вони являють собою mp3-файли, створені за допомогою одного і того ж компресора з одного і того ж джерела, ви можете розпакувати їх і те ж саме.
Все інше, і це стає дуже складно. Ви можете спробувати перетворити як той самий сировинний формат WAV, а потім виконати деяке нечітке узгодження (подібно до того, як ковзати розділ один проти одного і знайти місце з найменшим RSS відмінностей).
Або ви можете спробувати зробити це в частотній області, розбивши файли на невеликі шматки, виконавши FFT на них, і шукаючи ряд відповідних первинних частот.
Я не переконаний, що або буде добре працювати. Спочатку я спробую метод часового домену.